قهرمان داستان، ژان والژان به خاطر یک سرقت جزئی، دستگیر می‌شود و به زندان می‌افتد و به خاطر تلاش برای فرار دوران محکومیت ۱۹ ساله را طی می‌کند. پس از آزادی، وقتی پا به شهر «دین‌ی» می‌گذارد هیچکس حاضر نیست به او جا و پناه بدهد. در اوج ناامیدی، به طور اتفاقی به کلیسا و پیش اسقف میریل می‌رود و آنجا می‌ماند. با این حال، قهرمان قصه در آنجا هم دست به سرقت می‌زند و پلیس او را دستگیر می‌کند، اما اسقف برای نجات او، دروغ می‌گوید.

این کار اسقف تاثیر زیادی بر ژان والژان می‌گذارد. او با نامی دیگر راهی شهر مادلین می‌شود و با تلاش فراوان موفق می‌شود اوضاع کاری را روبراه کند و صاحب کارخانه می‌شود. او زنی را که در کارخانه‌اش کار می‌کند به خاطر داشتن فرزندی نامشروع، اخراج می‌کند. و مدتی بعد، وقتی زن در حال مرگ است، به او قول می‌دهد که از دخترش مراقبت کند. اما همانجا هویتش لو می‌رود و توسط بازرس ژاور دستگیر و راهی زندان می‌شود.

ژان والژان این‌بار از زندان فرار می‌کند و به سمت شهر مونتفرمیل می‌رود؛ جایی که دختر آن زن را، که کوزت نام دارد، در خانه تناردیه پیدا می‌کند و می‌فهمد این خانواده به جای مراقبت از این دخترک از او سوء استفاده می‌کنند. ژان والژان با پرداخت مبلغی، کوزت را آن خانواده می‌گیرد و باهم راهی پاریس می‌شوند. آن‌ها به صومعه‌ای پناه می‌برند و در آنجا ژان والژان به باغبانی مشغول می‌شود و کوزت هم به مدرسه می‌رود.

ماریوس جوانی است که در خانواده‌ای ثروتمند زندگی می‌کند. او بعد از چالشی که با پدربزرگش دارد، از خانه خارج می‌شود و به عنوان دانشجوی رشته حقوق زندگی‌اش را ادامه می‌دهد. ماریوس به طور اتفاقی کوزت را در پارکی می‌بیند و در یک نگاه عاشق و دلباخته او می‌شود. اما ژان والژان که سرسختانه مراقب دختر است نمی‌خواهد رابطه‌ای بین این دو شکل بگیرد؛ او می‌ترسد که کوزت را از دست بدهد. در نتیجه بین آن‌ها فاصله‌ای می‌افتد و در این زمان است که پسر جوان به رفقایش می‌پیوندد که یک قیام سیاسی علیه حکومت را آغاز کرده‌اند.

پس از اتفاق‌هایی، ژان والژان به پاریس برمی‌گردد و به ماریوس که به همراه دوستانش در حال مبارزه است، کمک می‌کند و او را که زخمی شده از مهلکه خارج می‌کند. ماریوس پس از بهبودی با پدربزرگش آشتی می‌کند و از او اجازه می‌گیرد تا با کوزت ازدواج کند. در نهایت والژان گذشته خود را برای ماریوس تعریف می‌کند و از طرفی هم ماریوس به طریقی می‌فهمد این والژان بوده که وقتی او زخمی شده، جانش را نجات داده و در آخر قهرمان قصه در آرامش می‌میرد.

درونمایه داستان بینوایان 

یکی از مضمون‌ها (تم) پررنگ داستان، عشق و شفقت است. وقتی به سرتاسر کتاب نگاه می‌اندازیم می‌فهمیم که شخصیت‌های مثبت با دیگران دلسوزانه، با محبت و با عشق برخورد می‌کنند؛ مانند رفتار کشیش در مقابل ژان والژان و همچنین رابطه ماریوس با کوزت. در این بین خود ژان والژان هم که یک مجرم است و دارای شخصیتی درهم، غمگین و سرسخت است، بعد از دیدن محبت کشیش دچار تحول می‌شود، و وقتی کوزت را به سرپرستی می‌گیرد این تغییر رفتار شخصیت را بیشتر و بهتر می‌بینیم. هوگو قصد داشته بگوید که این انسان‌دوستی و عشق می‌تواند راه نجات انسان از تلخی و دشواری روزگار باشد.

یکی دیگر از درونمایه‌های مهم، نقد ساختار اجتماعی فرانسه قرن نوزدهم با استفاده از تمامی سمبل‌ها و المان‌های ادبیات فرانسه است. نویسنده چندین و چند بار نقدش را به وضوح پیش چشم ما می‌گذارد؛ به ما می‌گوید که چطور می‌شود که فانتین، فردی نجیب، مهربان و سختکوش که حتی در حال مرگ هم به فکر دخترکش است، به تن‌فروشی می‌افتد. هوگو به دو موضوع تاکید می‌کند؛ رفتار با زنان و همچنین عدالت کیفری. نمونه‌اش اینکه قهرمان قصه به خاطر دزدیدن یک تکه نان برای پنج سال زندانی می‌شود. ضمنا در نظر داشته باشید که هوگو از وضعیت زندان‌ها به خوبی آگاه بوده و بسیاری از اتفاق‌های کتاب را از جامعه و اطرافش گرفته، از جمله همین ماجرای محکومیت.